La relation entre le ph de l'eau et les plantes aquatiques est importante mais pas entièrement comprise. C'est une relation complexe puisque le pH est étroitement en corrélation avec les niveaux de calcium, magnésium, du carbonate, et d'autres constituants de l'eau.
En général, comme du dioxyde de carbone est enlevé de l'eau pendant la photosynthèse, moins d'acide carbonique est présent dans l'eau, ce qui a pour conséquence une élévation du pH. Quand la respiration excède la photosynthèse, du dioxyde de carbone est ajouté à l'eau et le pH diminue. Le pH d'un étang de baignade, est donc inférieur pendant la nuit que pendant le jour ; la fluctuation peut aller jusqu'à trois unités entre le lever et le coucher du soleil. C'est typique seulement dans une piscine naturelle mal protégée avec des niveaux bas en carbonates, bicarbonates, et phosphates.
La valeur du pH est une mesure de concentration en ions d'hydrogène et indique si l'eau a une réaction d'acide, alcaline ou neutre. Avec une valeur du pH de 7, l'eau est neutre, de 6 à 4 elle est de plus en plus acide et de 7 à 14 elle a un réaction alcaline. Les valeurs du pH augmentent légèrement au fil du jour et se situent idéalement entre 7.0 et 8.0.
Le pH a un grand impact sur la croissance des algues et des plantes aquatiques. Les algues filamenteuses préfèrent une valeur du pH de plus de 8.0, les plantes aquatiques prospèrent pour des valeurs de pH en-dessous de 8.0. Pendant les jours chauds et avec un soleil éclatant, la valeur du pH peut s'élever au-dessus de 10.0. Une légère acidité d'approximativement 6.9 est l'idéal pour un étang de baignade.